De vatikanske grotter, som ble bygget mellom 1590 og 1591, ble opprinnelig designet for å bære vekten av Peterskirken over. Det som startet som underjordiske hvelv, ble raskt et hellig rom, spesielt etter at pave Clemens VIII renoverte en del av krypten i 1592 og opprettet Clementine Chapel, som nå huser St.
Arkitektonisk sett er Grottene en blanding av solid, robust konstruksjon og skjønnhet, med hvelvede tak og intrikate kapeller. Pave Paul V utvidet dem på begynnelsen av 1600-tallet, og la til korridorer og nye rom for bønn. Den anerkjente arkitekten Gian Lorenzo Bernini var med på å utforme mange av kapellene, som blander eleganse med enkelhet.
I dag huser Grottene gravene til paver, helgener og andre viktige personer. Besøkende kan også se relikvier fra den opprinnelige basilikaen fra 400-tallet, som alle er knyttet til den gamle Vatikanets nekropolis nedenfor.
