1590-1591 yılları arasında inşa edilen Vatikan Mağaraları, başlangıçta yukarıdaki Aziz Petrus Bazilikası'nın ağırlığını desteklemek üzere tasarlanmıştır. Yeraltı mahzenleri olarak başlayan bu alan, özellikle Papa Clement VIII'in 1592'de kriptaların bir kısmını yenilemesi ve şu anda Aziz Petrus'un mezarına ev sahipliği yapan **Clementine Şapeli'ni** oluşturmasının ardından hızla kutsal bir alan haline gelmiştir.
Mimari açıdan Mağaralar, tonozlu tavanları ve karmaşık şapelleriyle sağlam ve dayanıklı yapıyı güzellikle harmanlamaktadır. Papa V. Paul 17. yüzyılın başlarında koridorlar ve ibadet için yeni alanlar ekleyerek buraları genişletmiştir. Ünlü mimar Gian Lorenzo Bernini zarafeti sadelikle harmanlayan şapellerin birçoğunun tasarımına yardımcı olmuştur.
Günümüzde Mağaralar Papaların, azizlerin ve diğer önemli şahsiyetlerin mezarlarına ev sahipliği yapmaktadır. Ziyaretçiler ayrıca aşağıda antik Vatikan Nekropolü ile bağlantılı olan orijinal 4. yüzyıl bazilikasından kalıntıları da görebilirler.
