Grotterne i Vatikanet, der blev bygget mellem 1590 og 1591, blev oprindeligt designet til at bære vægten af Peterskirken ovenover. Det, der startede som underjordiske hvælvinger, blev hurtigt et helligt sted, især efter at pave Clement VIII renoverede en del af krypten i 1592 og skabte Clementine Chapel, som nu huser St.
Arkitektonisk blander grotterne solid, robust konstruktion med skønhed, med hvælvede lofter og indviklede kapeller. Pave Paul V udvidede dem i begyndelsen af det 17. århundrede og tilføjede korridorer og nye rum til bøn. Den berømte arkitekt Gian Lorenzo Bernini var med til at designe mange af kapellerne, som blander elegance med enkelhed.
I dag huser grotterne gravene for paver, helgener og andre vigtige personer. Besøgende kan også se relikvier fra den oprindelige basilika fra det 4. århundrede, som alle er forbundet med det gamle Vatikanets nekropolis nedenfor.
