Les Grottes du Vatican, construites entre 1590 et 1591, ont été conçues à l'origine pour supporter le poids de la Basilique Saint-Pierre située au-dessus. Ce qui n'était au départ que des voûtes souterraines est rapidement devenu un espace sacré, surtout après que le pape Clément VIII a rénové une partie de la crypte en 1592 et créé la chapelle clémentine **** , qui abrite aujourd'hui le tombeau de Saint-Pierre.
D'un point de vue architectural, les Grottes allient solidité et beauté, avec des plafonds voûtés et des chapelles complexes. Le pape Paul V les a agrandies au début du XVIIe siècle, ajoutant des couloirs et de nouveaux espaces de prière. Le célèbre architecte Gian Lorenzo Bernini a participé à la conception de nombreuses chapelles, alliant élégance et simplicité.
Aujourd'hui, les Grottes abritent les tombes de papes, de saints et d'autres personnages importants. Les visiteurs peuvent également voir des reliques de la basilique originale du IVe siècle, toutes reliées à l'ancienne Nécropole du Vatican en contrebas.