La parete sud presenta affreschi che raffigurano le Storie di Mosè, originariamente con otto pannelli, a partire dalla Nascita e Ritrovamento di Mosè del Perugino, poi sostituiti dal Giudizio Universale. Gli affreschi attuali includono scene come Partenza di Mosè per l'Egitto, il Passaggio del Mar Rosso e la Consegna delle Tavole della Legge. In alto, le lunette di Michelangelo raffigurano gli Antenati di Cristo.