Die Vatikanischen Grotten, die zwischen 1590 und 1591 erbaut wurden, waren ursprünglich dazu gedacht, das Gewicht des darüber liegenden Petersdoms zu tragen. Was als unterirdische Gewölbe begann, wurde schnell zu einem sakralen Raum, vor allem nachdem Papst Clemens VIII. 1592 einen Teil der Krypta renovierte und die Clemens-Kapelle schuf, in der sich heute das Grab von St. Peter befindet.
Die Grotten sind architektonisch eine Mischung aus solider, stabiler Bauweise und Schönheit, mit gewölbten Decken und kunstvollen Kapellen. Papst Paul V. erweiterte sie im frühen 17. Jahrhundert durch Korridore und neue Gebetsräume. Der berühmte Architekt Gian Lorenzo Bernini half bei der Gestaltung vieler der Kapellen, die Eleganz und Schlichtheit miteinander verbinden.
Heute beherbergen die Grotten die Gräber von Päpsten, Heiligen und anderen wichtigen Persönlichkeiten. Besucher können auch Relikte der ursprünglichen Basilika aus dem 4. Jahrhundert besichtigen, die alle mit der alten Vatikanischen Nekropole unten verbunden sind.